Сборная Аргентины до 20 лет

До своего дебюта в молодежной команде Аргентины Месси получил приглашение выступать за национальную сборную Испании, но отклонил его. В июне 2004 года он наконец дебютировал в товарищеском матче против Парагвая за молодежную сборную Аргентины.

В июне 2005 Месси выиграл молодежный чемпионат мира, проходивший на полях Нидерландов. На этом турнире он стал лучшим бомбардиром, забив 6 мячей, и получил золотой мяч в качестве лучшего игрока чемпионата. Несмотря на юный возраст, Лионеля часто сравнивают с Марадоной.

Дебют в национальной сборной

4 августа Хосе Пекерман вызвал его в национальную сборную Аргентины в матче против Венгрии. Однако он сыграл всего 3 минуты в матче и получил красную карточку. Первую свою официальную встречу Месси провёл 3 сентября 2005года в матче со сборной Парагвая он вышел на замену на 80-й минуте отборочного раунда к чемпионату мира 2006.

Первый свой гол Лео забил в товарищеском матче с Хорватией. Свой же первый официальный гол он забил на Чемпионате мира 2006 в матче со сборной Сербии и Черногории (6:0).

Чемпионат мира 2006

Несмотря на травму, полученную в конце сезона 2005/06, Месси попал в заявку национальной сборной на Чемпионат мира 2006. Первый матч против сборной Кот-д’Ивуара он пропустил, во втором же матче против сборной Сербии и Черногории он вышел на замену и отметился голевым пасом, а также забитым мячом.

Также Месси сыграл в матче 1/8 финала против Мексики, заменив Савиолу на 84 минуте.